178 teraflop til tjeneste

178 teraflop til tjeneste

Universitetet i Oslo fikk en opptur på en tung dag. Den nye tungregnemaskinen Abel har begynt sin offisielle tjeneste.

Universitetet i Oslo, UIO, falt ut av listen over verdens 200 beste universiteter, Times Higher Education Ranking. Slike rangeringer er som en berg og dalbane, ifølge Rektor Ole Petter Ottersen ved Universitetet i Oslo.

Tidligere hadde universitetet gått frem på en annen rangering.

Kriteriene for hva som gjør et universitet godt, er ulne, men forskning har betydning.

Derfor er forskning ved hjelp av Abel vesentlig for UIOs renommé.

Nye verktøy

- Store grupper trenger nye verktøy som samfunns og livsvitenskap, sa Ole Petter Ottersen, rektor ved Universitetet i Oslo da han offisielt åpnet Abel.

Den nye tungregnemaskinen er på listen blant de hundre kraftigste beregningsmaskinene i verden med en kapasitet på 178 TFLOP (178.000 milliarder desimaltallsberegninger per sekund). Det er første gang for UIO.

- Datamaskinen har fått et verdig navn etter vår store matematiker Niels Henrik Abel. Maskinen vil foreta store og tunge simuleringer basert på effektive algoritmer, sa statssekretær Ragnhild Setsaas i Kunnskapsdepartementet (KD).

Abel vil være en nasjonal og internasjonal ressurs knyttet sammen i nettverk med andre tungregnemaskiner i Norge og i Europa som en del av samarbeidet PRACE.

- Vi fornyer datamaskinene på de fire store universitetene. Forskerne har nå en unik mulighet. De burde sitte foran skjermene, fortsatte Ragnhild Setsaas.

Tyve millioner

For 26 år siden fikk UIO, Floating Point System FPS 164, sin første regneressurs, en regnemaskin som trengte en generell datamaskin for administrasjon.

- Abel er omtrent 20 millioner ganger raskere enn FPS 164. Det var mye trøbbel med maskinen. Abel er mye enklere å bruke. I tillegg har vi mye kompetanse for å hjelpe forskerne best mulig, sa Lars Oftedal, it-direktør ved USIT, universitetets it-tjenste.

Gruppen for vitenskapelig databehandling består av 15 personer, hvorav tolv med doktorgrad. Det er deres kompetanse som skal hjelpe forskerne å komme seg foran skjermen. Det brukes mye tid på ressurstildeling og køsystemer for de vitenskapelige beregningsoppgavene.

Endret profil

- CERN endret profilen på vår datamaskin slik at vi har mye minne og håndterer store datamengder. Abel er på rundt 40. til 50. plass blant vitenskapelige maskiner, sier Hans Eide, leder for vitenskapsgruppen.

Et nytt filsystem, Fh_GFS, skal håndtere 200 TB for arbeidsområde, Scratch, og tilsvarende for applikasjoner, Home. Lagringskapasiteten vil bli på 4 til 6 PB. Åtte datamaskiner vil bli levert med 1 TB minne i hver.

Mens universitetene til nå stort sett har vært opptatt av å regne vil veksten fremover komme på lagring. Lagring blir derfor en egen finansieringspost i årene som kommer.

Mer midler

Sannsynligvis vil de fire universitetene dele på 80 millioner kroner, hvert år de nærmeste fem årene, for E-infrastruktur. Utfordringen er å skaffe midler til mer, spesielt for lagring. Denne E-infrastrukturen anses som nødvendig.

Utfordringen er å få ledelse og bevilgende myndigheter til å forstå at E-infrastruktur er en nødvendig forutsetning for andre avanserte forskningshjelpemidler.

Forsker på sol-fysikk

Professor Mats Carlsson er tilknyttet Institutt for teoretisk astrofysikk hvor han forsker på sol-fysikk. Hans forskning publiseres i verdens viktigste forskningstidskrifter. Han er tildelt UIOs forskningspris for 2012.

Hvordan solen utvikler seg påvirker klimaet. Derfor forskes det på magnetfelt og varme gasser. Derfor bygges det tredimensjonale modeller av sol-atmosfæren. Derfor benyttes de kraftigste tungregnemaskinene i Europa via PRACE. Derfor kommer Abel til å bli en viktig ressurs. Behovet er elleve millioner prosessorkjerne-timer.

Hver gang man har bygget en bedre modell har den vist seg å være veldig god. Det bevises når neste generasjons sol-teleskop rettes mot sol-overflaten.

- Når magnetfeltet på solen forandrer seg, blir det sol-utbrudd. Forskjellen på solen har påvirkning på klimaet på jorden, sier professor Mats Carlsson.

Bygget opp

Tilsvarende tung bearbeiding har det norske toppsenteret NSC, Norwegian Sequencing Centre. Bak det står Oslo Universitetssykehus og Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES).

Sekvensering handler om å forstå levende mekanismer oppbygging, det som til vanlig kalles DNA som består av basisblokkene C (Cytosine), G (Guanine), A (Adenine) og T (Thymine).

For å forstå menneskets oppbygging, genom, som består av doble DNA-sekvenser i spiral ble det benyttet tre milliarder dollar over tolv år.

- Man kan ikke ta et helt genom og forske på det. Det må deles opp. Vi drukner i data, sier Alex Nederbragt, senioringeniør i CEES.

Det forskes på torsk. Nå ønsker man å utvide forskningen for å se på genom-variasjoner på inntil tusen torsk. Det krever minst 20 TB med data.

Les om:

Enterprise