Strukturerer livets gåter

Strukturerer livets gåter

IBM lager verdens raskeste datamaskin for å analysere arvestoffer. Kapasiteten vil ligge nær menneskets hjerne.
LONDON: Hadde IBM blitt etablert i dag, kunne tre-bokstavers akronymet utmerket godt ha stått for "Information Based Medicine". Helse og "Life Science", et begrep som blant annet omfatter genforskning, er blant de raskest voksende forretningsområdene i IBM.

Nylig ble store deler av IBMs helserelaterte virksomhet omorganisert og strømlinjeformet i en ny organisatorisk enhet. I februar kunngjorde selskapet at 1,7 milliarder kroner skal brukes på å ansette helseeksperter, utvikle nye it-løsninger for helseindustrien og inngå partnerskap med helseaktører de tre kommende årene.

Fem prosent av IBMs 3.200 forskere arbeider med helserelaterte problemstillinger. Og ikke minst er behovene innen avansert gen- og proteinforskning en av grunnene til at IBM i flere år har arbeidet med å utvikle det som skal bli verdens største datamaskin, Blue Gene/L.

Ser sammenhenger

-- Biologisk forskning lager ikke de største databasene. Men informasjonsmengden vokser raskt, er komplisert og involverer mange typer data. Det krever kompakte datamaskiner hvor hver prosess lynraskt kan utveksle data med de andre prosessene, sier Joseph M. Jasinski, programdirektør ved Healthcare and Life Sciences Institute, IBM Research.

Klynger av datamaskiner, fortrinnsvis med standard Intel-prosessorer, er i ferd med å overta mye av verdens tungregning. Men de populære klyngene er lite egnet til gen-forskning, hevder Jasinski. I stedet utvikles Blue Gene/L som er skreddersydd for oppgaver som involverer mange typer data.

-- Problemet er ikke selve databehandlingen, men å strukturere dataene på en slik måte at det er mulig å hente ut informasjonen, understreker forskeren.

Den første protoypen av Blue Gene ligger allerede på 73. plass på listen over verdens 500 kraftigste datamaskiner med en toppytelse på to terraflop (to tusen milliarder beregninger per sekund). Når fullblodsvarianten av Blue Gene står klar hos Lawrence Livermore National Laboratory i California neste år, vil den etter alt å dømme gå helt til topps på Top500-listen.

Nærmer seg hjernen

Maskinen som skal leveres i 2005 vil ha en toppytelse på 360 terraflop, samtidig som den vil bruke en femtendedel av energien og er ti ganger mer kompakt enn konkurrentene. Målet er en petaflop (hundre tusen milliarder beregninger per sekund) innen 2007. Da begynner maskinen å nærme seg den menneskelige hjerne som ligger på noen titalls petaflop.

Jasinski er nøye med å understreke at selv om datamaskinene kan "tenke" nesten like fort som hjernen, har det ingenting med kunstig intelligens å gjøre. Men den nye superdatamaskinen skal likevel brukes til å etterlikne mennesket.

-- Målet er å simulere biologiske prosesser. Genomer er som maskinkode, de sier noe om hva som

kan skje. I første omgang skal Blue Gene/L benyttes til å studere folding av proteiner. Det som krever regnekraft er å ikke bare se på ett protein om gangen, men å se på sammenhengen mellom flere på en gang.